黔东南州农业科学院主要承担着国家部委及省州农业科技攻关研究和农作物新品种区域试验、农业科技成果推广应用、农业科技普及与培训等公益职能，为全州农业和农村经济发展提供科技支撑。前身是成立于1958年8月的黔东南州农业科学研究所，2012年5月经批准更名为黔东南州农业科学院。
全院下设办公室、计划财务处、人事保卫处、科研管理处、基地管理处、农业科技交流中心6个管理机构和水稻研究所、旱地作物研究所、蔬菜研究所、中药材茶叶研究所、园艺景观植物研究所、成果应用研究所、生物技术研究所、畜牧研究所、水产研究所、动植物检验检测中心10个科研机构。核定编制134个，其中管理岗位33个，专业技术岗位94个，工勤技能岗位7个。现有在职在编职工105人，其中专业技术人员85人，具有正高职称4人，副高职称16人，中级职称33人，初级及以下32人；基本实现了农业领域专业人才全覆盖。现有州管专家1人、州智库专家4人，州级重大决策咨询专家3人，省“三区”科技人才29人，2名科技人员遴选为省“千”层次创新型培养人才，12名专业技术人员入选2022年黔东南科技人才“蓄水库”，11人入选黔东南州标准化专家库。有博士2人、硕士14人。
在州委、州政府正确领导下，在上级部门关心支持下，先后获得100余项州级以上科技成果表彰,育成了陆两优106、岗优608、凯香1号等近30个具有自主知识产权的水稻品种，为州内各时期的农业生产发展做出了积极的贡献。自2012年由“黔东南苗族侗族自治州农业科学研究所”更名为“黔东南苗族侗族州农业科学院”以来，全院秉承“科研立院、人才强院、创新兴院”的发展理念，着力构建科技创新体系，探索“农业科技创新创业、成果转化、服务三农”相结合的建院之路，提高科技引领作用，建成了三大基地（科普实训基地、高新农业科技示范园、农业科研展示基地），先后获得贵州省科普示范基地、凯里市中小学劳动教育实践基地和研学旅行实践基地等称号。主持发布了太子参系列国家标准和香禾有机生产技术系列等省级标准，育成凯恢4001、凯恢4002及香禾苟当系列等8个品种；初步形成了地域代表性和特色性比较明显的科研格局，为保障州内粮食安全和促进社会经济发展发挥了重要作用。
